SMK Gudang Rasau telah ditubuhkan pada 1 Januari 2001. Pada awalnya sekolah ini menumpang di SMK Paya Besar kerana bangunan sekolah tidak dapat disiapkan oleh pihak kontraktor. Pada ketika itu jumlah pelajar yang mendaftar hanya seramai 76 orang dan tenaga pengajar seramai 9 orang manakala kakitangan sokongan adalah seramai 3 orang.

  Pada tahun 2002 sekolah ini menumpang di SK Mat Kilau ekoran kerja-kerja pembinaan masih lagi berjalan. Ketika itu jumlah pelajar adalah seramai 191 orang yang terdiri daripada pelajar Tingkatan 1 dan Tingkatan 2. Kakitangan akademik adalah seramai 13 orang dan kakitangan bukan akademik adalah seramai 8 orang.

  Pada tahun 2003, sekali lagi sekolah ini menumpang di SK Mat Kilau kerana bangunan sekolah masih lagi belum disiapkan oleh pihak    kontraktor. Pelajar yang diterima masuk ke sekolah ini kebanyakannya adalah dari taraf sosioekonomi yang sederhana dan rendah.

  1 September 2004 merupakan hari bersejarah bagi warga SMK Gudang Rasau kerana telah         berpindah ke bangunan sendiri walaupun dalam keadaan serba kekurangan ketika itu. Sehingga kini, SMK Gudang Rasau masih meniti jalan kecemerla-ngan dan semoga satu hari nanti akan dikenali sebagai sebuah sekolah yang cemerlang.